Навукова-даследчай працай М.В. Абабурка пачаў займацца яшчэ ў час вучобы ва ўніверсітэце: удзельнічаў у разнастайных студэнцкіх канферэнцыях, рыхтаваў конкурсныя працы, штогод выязжаў у дыялекталагічныя экспедыцыі па зборы лексікі мінска-маладзечанскіх гаворак. Ён даследуе мову мастацкай літаратуры, лексіку беларускай літаратуры і дыялектнай мовы, стылістыку, культуру мовы, пытанні параўнальнай граматыкі моў, тэрміналогію.
Аўтар больш за 40 кніг і 200 навуковых публікацый. Сярод іх – манаграфіі “Станаўленне і развіццё мовы беларускай мастацкай літаратуры” (2000), “Беларуская лінгвістычная паэтыка і тэксталогія” (2008), “Сучасны літаратурна-мастацкі расповед” (2011, у суаўтарстве), “Паэтыка беларускай мастацкай літаратуры XX ст.” (2014, у суаўтарстве); вучэбныя дапаможнікі “Тэарэтычныя асновы беларускай лінгвістычнай тэксталогіі” і “Практычныя асновы беларускай лінгвістычнай паэтыкі і тэксталогіі” (2003), “Адметнасці ў стылі і мове твораў В. Быкава” (2004, у суаўтарстве), “Лінгвістыка тэксту” (2008); слоўнікі “Слоўнік-даведнік асноўных лінгвастылістычных і тэксталагічных тэрмінаў” (1998), “Лінгвастылістычныя і тэксталагічныя тэрміны” (2011), “Слоўнік лінгвастылістычных і тэксталагічных тэрмінаў” (2012, у суаўтарстве); вучэбна-метадычныя дапаможнікі “Рознастылёвыя тэксты і іх аналіз” (2010), “Вывучэнне мовы твораў Аркадзя Куляшова” (2014), “Размежаванне часцін мовы і іх граматычных форм” (2015) і інш.
М.В. Абабурка вядомы як майстар мастацкага слова. Выступае пад літаратурным псеўданімам Мікола Бабраўнічы. Яго апавяданні, мініяцюрныя замалёўкі, эсэ публікуюцца ў беларускіх часопісах і газетах.