Марк Яфімавіч Эйцінгон у 1893 г. разам з сям'ёй пераехаў у Лейпцыг (Германія).
Скончыў экстэрнам школу, вучыўся на медыцынскім факультэце ў Марбургскім універсітэце (з 1903), скончыў універсітэт у Цюрыху (Швейцарыя).

Працаваў асістэнтам К.Г. Юнга ў клініцы Бургхольцлі (Швейцарыя). Пасля знаёмства з К. Абрахамам і К. Г. Юнгам пачаў займацца псіхааналізам.

1907 г. – пасля сустрэчы з З. Фрэйдам стаў членам Венскага псіхааналітычнага таварыства, пачаў прыватную практыку.

1910 г. – стварыў Берлінскае псіхааналітычнае таварыства, бібліятэку і выдавецтва. Прынцыпы арганізацыі дзейнасці Берлінскага інстытута псіхааналізу сталі асновай для стварэння псіхааналітычных цэнтраў у многіх краінах свету.

1920 г. – адкрыў у Берліне Псіхааналітычны інстытут і клініку за ўласныя сродкі.

1925-1934 гг. – прэзідэнт Міжнароднай псіхааналітычнай асацыяцыі (IPA).

1933 г. – стварыў Палесцінскае псіхааналітычнае таварыства, першую аналітычную бібліятэку і інстытут у Іерусаліме.

У 1922 г. прапанаваў для псіхааналітычнай супольнасці новую адукацыйную сістэму, якая і дагэтуль застаецца класічнай мадэллю.